Reformas borbónicas

Las reformas borbónicas que se vieron intensificadas en la segunda mitad del siglo XVIII, trajeron consigo diversos efectos sobre la sociedad indígena el estado de Yucatán, donde dichos efectos no siempre resultaron benéficos para la población.
Un indicador que de acuerdo al Obispo alcalde, mostraba el éxito logrado en el proceso de evangelización de los indígenas, es que debido a esto se proporcionaban las cifras de los templos existentes, pero así como se contaba con su lado positivo, también se hallaba una vertiente negativa, la cual correspondía que de todo ese quehacer arquitectónico procedía del desinterés mostrado por los encomenderos; esto, "que por ley debían cooperar, no lo han hecho".
Otro factor que se presentó fue que la población aborigen se vio afectada por el creciente auge demográfico. Además de que también trajo como efecto a que debido a la expansión de las estancias ganaderas y los ranchos de cultivos comerciales, contribuyeron a la dispersión del pueblo maya y a la pérdida de cohesión de las comunidades.
El abandono de los pueblos adquirió tintes dramáticos, con  una consulta del Consejo de Indias al rey, donde el mandatario de Yucatán señalaba la existencia de pueblos donde apenas quedaba en cacique, tres o cuatro indios viejos y pocas indias infelices. Mas tarde se corrobora esta situación con una representación que los ministros del juzgado de indios, dirigieron al gobernador Yucateco, donde apuntaban como causas de la emigración de indios: el poco amor al trabajo, las constantes opresiones a las que se veían sometidos y que deseaban librarse de ellas, así como del autoritarismo y de las pesadas obligaciones que se les imponían en repartimientos y servicios personales. Con todo esto la Corona, se vio en la necesidad de intervenir, por Reales Cédulas, con el objeto de encarecer la reducción de los indios: como solía ocurrir, la tenaz oposición de éstos impidió que la voluntad real resultará efectiva.
De igual manera en el texto se menciona como otro punto las diversas normas legales tendentes a la adopción de medidas compulsivas que aseguraran el trabajo de los indígenas.
Mas tarde como se da el proceso que llevaría a la extinción de la encomienda, durante los nuevos aires ilustrados y absolutos que comenzaron a surgir en España durante el siglo XVIII, instaban a la Corona a recuperar aquellas regalías de las que había ido desprendiéndose con el tiempo. Habiendo evolucionado la encomienda hacia la forma de un tributo que el rey cedía a sus súbditos, resultando claramente evidente que una institución de tales características no podía prevalecer. En abril de 1786 se publicó en Yucatán la Real Cédula, la cual ordenaba la desaparición del sistema de encomiendas, reducido a un valor casi testimonial, tal y como cita el texto leído; sin embargo se resistió a la extinción a que se le condenaba, llegando al punto en el que la figura del encomendero continuó siendo recordada con profundo recelo por la población indígena, incluso después de implantado el primer régimen constitucional español.
Una vez ya abolido el sistema de encomiendas, la Real Ordenanza para el establecimiento e instrucción de intendentes de ejército y provincia, generalizó en su sustitución el tributo indígena, a cuyo pago se les obligó a los indios, negros y mulatos que se encontrasen entre los dieciocho y cincuenta años de edad. Todo lo anterior provocó un gran descontento entre la población, ya que la unificación del procedimiento de cobro del tributo introducida por la Ordenanza afectaba al pueblo, ya que los ingresos de la mayoría de la población indígena, dedicada a tareas agrícolas, solían producirse en épocas del año completamente distintas con las fechas de las entregas previstas por la Ordenanza. Mientras todo esto se suscitaba en otra parte la crisis suscitada por las intenciones anexionistas de Napoleón sobre España hicieron que el real decreto de la Regencia de 26 de mayo de 1810 exoneró a los indígenas del pago del tributo, si bien lo mantuvo vigente para las castas.
Más tarde en 1766 se instaló en México una Contaduría General de Propios, la cual acabó con la autonomía financiera de los municipios y en su lugar desarrolló una línea política con la tendencia a reducir los gastos en los pueblos de los indios, a los que se les proporcionaron unos reglamentos por los que debía regirse a a administración de sus cajas de comunidad. Lo que trajo consigo otras consecuencias, ya que dichas cajas se vieron afectadas por la orientación política de los Borbones y de sus funcionarios, quienes concedían gran importancia a la centralización de recursos, lo cual llevó a diversas acciones y consecuencias que no resultaron del todo benéficas para la población.
Más tarde se hicieron las Cofradías, las cuales se preservaron de los oficiales reales, quienes arrasaron con las cajas de comunidad desde 1777. Desde el punto de vista pastoral, las cofradías entraron en la mira de los prelados diocesanos, quienes preocupados por su conservación como capital eclesiástico y ejecutores de las órdenes del virrey, éste requirió informes a los Obispos novohispanos sobre el correcto uso de los fondos de las cofradías. Tiempo después se subastaron dichas cofradías con argumentos de sequías y del irraciocínio del pueblo maya para desarrollarse, planteando esos argumentos para justificar la subasta y utilizar esos fondos para invertirlos en ingresos en censos eclesiásticos.
De igual manera dichas reformas tuvieron efectos sobre la propiedad territorial, la cual fue evolucionando y desarrollándose a los lardo del siglo XVIII de acuerdo con pautas análogas a las observadas en el resto del Virreinato de la Nueva España. Las apropiaciones indebidas de tierras produjeron una notable confusión y dieron origen a frecuentes composiciones, beneficiando tanto a hacendados y labradores como a las arcas del soberano.
Las inevitables consecuencias que trajeron los diversos sucesos antes mencionados, fueron las formas de resistencia indígena, que abarca desde la insumisión al alzamiento armado. Al margen de manifestaciones externas, como podía ser la sujeción de los mayas al pago de contribuciones, la sumisión del elemento indígena distaba de resultar satisfactoria para quienes se hallaban más en contacto ellos, por residir en áreas rurales. Posteriormente los conatos de rebeldía derivaron ocasionalmente hacia movimientos de resistencia, particularmente la gravedad que revistió la sublevación de los mayas de Cisteil, que contó con una simbólica coronación e Canek como rey. Las peculiares características de esa insurrección y su particular simbolismo pueden ponerse en relación con el conocimiento que Canek había adquirido de sus antepasados en una biblioteca de un convento, donde todas esas enseñanzas los inclinaron a cometer la arriesgada labor de recuperar la grandeza perdida de aquellos tiempos antiguos.
Se puede concluir que tanto en el alzamiento antes mencionado encabezado por Canek, así como en las guerras de casta del siglo XIX, se da un sentido de permanencia de acuerdo a sus creencias religiosas donde el elemento original indígena se hallaba en la parte misteriosa y en los usos litúrgicos católicos. Siendo esas razones las que preocupaban a las autoridades religiosas del estado de Yucatán, quienes querían modificarlas y perseguir a quienes incurrían en delitos de apostasía.